주식발행 법인 소유 부동산 소급감정 / 심사증여2026-5(2026.05.13)

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[제목] 주식발행 법인 소유 부동산 소급감정

[요약] 주식발행법인 보유 부동산을 증여세 과세표준 신고기한부터 6개월 이내에 감정평가하고 감정평가 금액에 대해 평가심의위원회의 심의를 거친 경우, 비상장주식 평가 순자산가치 평가시 시가로 인정됨

[결정유형] 기각

주문

이 건 심사청구는 기각한다.

 

이유

1.처분개요 
가. 청구인은 2025.1.2. A개발㈜(이하 “쟁점법인”이라 한다.) 비상장주식 27,410주(총 발행주식의 19.5%로, 이하 “쟁점주식”이라 한다.)를 대주주 B(청구인의 배우자)로부터 증여 받았다. 

나. 2025.4.15. 쟁점주식을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다.)에 따른 보충적 평가방법으로 1주당 순자산가치 58,374원으로 평가하여 증여재산가액 1,600,031,340원으로 증여세를 신고하고 증여세 240,012,536원을 납부 하였다. 

다. 처분청은 2025.8.22.부터 2025.9.30.까지 청구인에 대한 증여세 조사를 실시한 결과, 쟁점법인이 소유한 ‘OO시 OO구 OO동 OOOO-OO’ 소재 토지 831㎡ 및 건물 3,661㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다.)의 가액을 상증법 시행령 제49조 제1항의 단서에 따라 처분청이 의뢰한 2개 감정평가법인이 감정 평가한 가액의 평균인 22,307,931,350원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다.)으로 평가하고, 이에 따라 쟁점주식의 1주당 평가금액을 149,950원으로 재산정하여 2025.12.1. 증여재산가액을 4,110,129,500원으로 평가하여 증여세 1,055,052,214원을 추가 결정 고지하였다. 

라. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.6. 이 건 심사청구를 제기하였다. 

2. 청구인 주장 
가. 비상장법인의 주식에 대하여 그 가치를 산정할 때, 당해 법인이 보유하고 있는 부동산에 대한 시가를 감정하여 자산을 평가하고, 이 평가액을 기초로 해당 법인의 주식 가치를 평가하도록 하는 법규는 현행 상증법은 물론 시행령이나 시행규칙, 어디에도 없다. 

다만 둘 이상의 공신력 있는 감정기간의 감정가액이 이미 존재하고 있는 경우에 한정하여 그 평균액을 적용하도록 하고 있으므로, ‘평가기간’ 내에 매매·수용·경매·공매·감정 등으로 그 가액이 확인될 때 해당 가액을 적용한다는 규정이 있을 뿐, 세무조사를 통하여 당해 법인소유 부동산에 대하여 감정을 받아 그 가액을 주식 가치 평가에 적용하도록 하는 법률규정은 없다. 

한편 현행 상증법에서는 제63조제2항 및 시행령 제54조에 ‘순손익가치’와 ‘순자산가치’를 평가하여 비상장법인의 주식가치를 산정하도록 하는 보충적 평가방법을 정하고 있을 뿐으로, 열거주의를 채택하고 있는 현행 세법에서 보유부동산을 감정가격으로 평가하여 주식 가치 산정에 적용하기 위해서는 별도의 관련 법규가 제정되어야 할 것이다. 

나. 비상장법인의 주식에 대한 시가로 판정할 수 있는 감정가액이라 함은 평가기준일 전 6개월부터, 후 3개월 내로 규정하고 있어, 이와 같은 평가기간을 벗어나서 이루어진 감정은 적법한 행정행위가 아니며, 부적법한 감정으로 확인한 감정가액을 시가로 볼 수 있는 법률적 근거는 없다. 

따라서 처분청이 해당 주식을 증여한 2025.1.2.로부터 약 8개월이 경과하여 2025.8.22.부터 2025.9.30.까지 관련 세무조사를 실시하여 당해 주식평가의 적법성을 조사하면서, 법인소유 부동산을 감정 의뢰한 것은 소급감정으로 ‘평가기간’이 경과된 후의 시가로 이를 기초로 계산한 주식평가액을 시가로 보는 것은 부당하다. 

다. 비상장법인의 주식은 불특정 다수인 간에 시장에서 자유롭게 형성되는 가액이 존재하지 않기 때문에 상증법에서도 시행령 제54조로 특별히 규정하고 있다. 

그래서 비상장법인의 주식가액을 결정하기 위해서는 비상장법인으로 하여금 감정을 시행하고 그 감정가액을 기준으로 결정하는 것이 아니라, 상증법 시행령 제54조의 규정에 따라 ‘순손익가치’와 ‘순자산가치’를 산정하여 1주당 주식가액을 확정하고, 이 가액으로 납세의무 이행의 기준으로 하도록 하고 있다. 

비상장주식을 평가하는 규정이 법에 명확히 규정되어 있음에도 국세청 훈령으로 감정을 실시하고, 감정가액을 기준으로 비상장주식을 평가하여 제반 납세의무를 이행하여야 한다는 사무처리규정은 관련 법규에 반하는 것으로, 국세청 훈령 제2025-2670호(2025.4.1.)「상속세 및 증여세 사무처리규정(이하 “사무처리규정”이라 한다.)」제 72조의 내용은 관련 법규에서 정한 범위를 벗어나 동 규정의 적용은 부당하다. 

라. 사무처리규정은 상증법이 정하고 있는 법규의 테두리 내에서 그 시행에 도움이 되는 내용을 규정함이 마땅한데도 법규가 정한 범위를 벗어나 새로운 의무와 비용부담을 강제하여, 조세법률주의를 심하게 훼손하고 있다. 

1) 부동산과다 보유법인에 대하여는 상증법 시행령 제54조에서도 해당 주식의 평가에 있어 그 기준을 다르게 적용하도록 이미 정하고 있다. 

이에 더하여 보유부동산의 평가에 감정가액을 적용하기 위해서는 관련 법규를 개정하여야 할 것이다. 그런데 법규의 개정 없이 국세청 훈령만으로 감정하여야 할 의무를 부과하는 것은 조세법률주의를 위반하는 것이다. (참고 판례) 대법원 2021.9.9. 선고 2019두35695) 

조세법률주의 원칙은 과세요건 등 국민의 납세의무에 관한 사항을 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률을 집행하는 경우에도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용을 허용하지 아니함을 뜻한다. 그러므로 법률의 위임 없이 명령 또는 규칙 등 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추·확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배된다. 

2) 비상장주식의 1주당 가액의 평가방법은 상증법 시행령 제54조에 구체적으로 규정하고 있다. 이러함에도 당해 법규에 규정되지도 않은 보유부동산을 감정가액을 적용해서 평가하게 되면 감정수수료 등 납세자의 부담 증가는 당연한 것으로, 이러한 비용부담과 세부담 증가를 법률도 아닌 행정규칙을 통하여 강제하는 것은 행정권의 남용으로 용인되어서는 아니 될 것이다. 

3) 결론적으로 본 건 소급감정에 의한 과세처분은 그 합법성과 진정성이 보장되기 위해서는 먼저 관련 법률을 개정 보완한 후, 납세자들이 충분히 알 수 있는 상태에서 적절한 과세가 이루어져야 하고, 현재의 관련 법규로는 비상장법인의 주식평가에 있어 감정가액을 적용하는 상증법 제63조제1항제1호와 상증법 시행령 제49조제1항제2호에서 주식을 제외하도록 한 현행 규정을 위반한 것이 명백하여 청구인의 주장이 인용되는 것이 조세법률주의와 대법원 판례 등에 비추어 조세 정의에 부합한다. 

3. 처분청 의견 
가. 비상장주식의 순자산가액 평가시 발행법인이 보유한 각 자산은 자산별 시가가 있으면 이를 우선적으로 적용하여야 하는바, 평가기준일 현재 상증세법상 시가로 볼 수 있는 감정가액을 반영하여 순자산가치를 산정한 후 쟁점주식을 평가한 것은 정당하다. 

1) 쟁점법인은 소득세법 제94호제1항제4호다목 1) 및 2)의 합계액의 비율이 80%이상인 부동산 과다보유법인으로 쟁점주식을 순자산가치에 의하여 평가하여야 하며, 증여세 신고시 쟁점부동산을 기준시가로 평가하고 이를 기초로 쟁점주식을 보충적 평가방법으로 평가하여 증여세 신고함에 따라서, 처분청은 쟁점부동산에 대해서 2025.8.22. 2개의 감정평가법인으로부터 감정평가를 실시하였고, 해당 감정가액을 상증법 시행령 제49조의2에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 2025.9.23. 시가로 인정받았다. 

< 감정평가 결과 > 

1. ㈜OOO뱅크 : 토지 20,943,720,000원, 건물 1,447,321,350원 총 22,391,041,350원 

2. ㈜OOOO평가 : 토지 20,775,500,000원, 건물 1,447,321,350원 총 22,224,821,350원 

2) 상증세법 제60조제1항은 ‘이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일 현재의 시가에 따른다.’고 규정하고 있고, 제2항은 ‘수용가격·공매가격·감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.’고 규정하고 있으며, 이에 따라 처분청은 쟁점주식의 발행법인이 보유한 쟁점부동산을 감정평가하여 평가심의위원회에서 해당 감정가액을 시가로 볼 수 있는 가액임을 확인받은 후, 이를 반영하여 쟁점주식의 순자산가치를 산정한 것이다. 

3) 또한 상증법 시행령 제49조에 따라 처분청이 증여세 법정결정기한 내에 쟁점부동산에 대한 감정평가를 실시하고, 그 감정가액에 대해 상기와 같이 평가심의위원회를 거쳐 감정가액을 쟁점부동산들의 시가로 결정한 후, 이를 근거로 쟁점주식의 가치를 1주당 58,375원에서 149,950원으로 재계산하였다. 

4) 즉, 처분청이 증여재산인 쟁점주식을 보충적 평가방법으로 평가하는 과정에서 시가평가 원칙에 따라 요건을 갖춘 감정가액을 쟁점부동산의 시가로 적용한 것이므로 당초 처분은 정당하다. 

5) 또한 상증법 제60조제2항에서 시가의 의미와 범위를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제49조제1항에서 시가로 인정되는 기간을 구체화하고 있는 등 법률 및 법률의 위임을 받은 시행령에서 증여재산의 평가방법을 명확하게 정의하고 있기에 해당 과세처분은 조세법률주의에 위배되지 않는다. 

4.심리 및 판단 
가.쟁점 
주식발행 법인 보유 부동산을 소급감정하고 이를 근거로 비상장주식을 평가하여 증여세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부 

나.관련법령 
생략

다.사실관계 
1) 쟁점법인은 상증법 시행령 제54조제4항에 따라 순자산가치로 비상장주식을 평가하는 법인이며 이에 대한 다툼은 없다. 

2)청구인 쟁점부동산 평가 내역 
청구인은 쟁점주식 순자산가치 평가시 쟁점토지는 공시지가 7,713백만원, 쟁점건물은 기준시가 1,773백만원(합계 9,486백만원)으로 평가하여 증여재산가액을 계산하고 증여세를 신고하였다. 

3) 처분청 감정평가 내역 
처분청은 증여세 신고기한부터 6개월 이내에 쟁점부동산을 ㈜OOOO감정평가법인(평가금액 22,391백만원), ㈜OOO감정평가법인(22,224백만원)으로부터 감정평가를 받고 감정평가한 가액의 평균을 쟁점주식 순자산가치 평가에 반영하였다. 

4) 평가심의위원회 심의 
2025.8.29. 처분청은 쟁점부동산 감정평가금액에 대해 ‘재산의 매매 등 가액의 시가 인정 심의’를 신청하였고, OO지방국세청 평가심의위원회는 2025.9.23. ‘감정평가금액을 시가로 볼 수 있다.’고 심의 결정하였다. 

5) 상증법 시행령 제49조제1항 개정이력 
2019년 개정세법 해설에 따르면 상증세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29533호로 개정된 것) 제49조제1항의 개정으로 평가기간 경과 후 발생한 매매등 사례가액 시가 인정절차를 마련하였고, 그 개정취지는 ‘평가기간이 지난 경우에도 시가로 인정될 수 있는 절차를 마련하여 시가에 근접한 평가 도모’인 것으로 나타나며, 종전에는 ‘평가기간 외로서 평가기준일 전 2년 내 발생한 매매등 사례가액’에 대해 평가심의위원회의 심의를 거쳐 시가로 인정하였으나, 2019.2.12. 이후 상속·증여받는 분부터 ‘평가기간 후 법정결정기한까지 발생한 매매등 사례가액’이 시가 인정 적용대상으로 추가된 것으로 나타난다. 

라.판단 
1)관련 법리 
상증법 제60조제2항에 ‘시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가액 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.’고 규정하고 있으며, 상증법 시행령 제49조제1항에 ‘평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 증여세 법정 결정기한인 증여세 신고기한부터 6개월 이내에 감정가액이 있는 경우에는 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 볼 수 있다.’고 규정하고 있다. 

아울러 상증법 시행령 제55조제1항에 ‘순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다.’고 규정하고 있다. 

2)주식발행법인 보유 부동산을 감정평가하고 이를 근거로 주식발행법인 순자산가치를 평가하여 증여세를 과세한 처분에 대한 판단 
쟁점법인은 상증법 시행령 제54조제4항에 따른 부동산 과다보유 법인으로 쟁점주식 평가는 순자산가치에 따르는 것으로 처분청은 쟁점법인 자산인 쟁점부동산을 상증법 제60조 및 같은 법 시행령 제49조제1항에 따라 증여세 과세표준 신고기한부터 6개월 이내에 감정평가하고 같은 법 시행령 제49조의2제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 시가를 평가하였다. 따라서 처분청의 쟁점주식 순자산가치 평가와 이를 근거로 한 이 건 증여세 과세처분은 달리 잘못이 없다. 

5. 결론 
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.