2026년 세제개편안 중 주택 양도소득세 주요 개정내용 정리

2026년 세제개편안 중 주택 장기보유특별공제, 다주택자 중과세율, 일시적 2주택 및 임대주택 특례 등 주택 양도소득세 주요 개정내용을 정리합니다.

 

2026년 세제개편안 중 주택 양도소득세 주요 개정내용 정리합니다.다만 세제개편안은 정부가 발표한 개정안으로, 향후 국회 심의 및 시행령 개정 과정에서 구체적인 내용이 달라질 수 있습니다.

 

주택 장기보유특별공제 개편

주택에 대한 세제혜택을 보유기간보다 실제 거주기간 중심으로 전환하기 위해 현행 장기보유특별공제를 장기거주 소득공제와 장기보유 소득공제로 이원화합니다.

 

장기거주 소득공제와 장기보유 소득공제로 구분

구분	적용 대상
장기거주 소득공제	주택, 관리처분계획 등의 인가 전에 주택이었던 조합원입주권
장기보유 소득공제	토지, 주택 외 건물, 관리처분계획 인가 전에 주택 외 건물 또는 토지였던 조합원입주권

 ➞ 개편된 제도는 2028년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용될 예정입니다.

 

1세대 1주택자의 공제율 조정

구분	2027년까지	2028년	2029년 이후
거주기간 공제율	연 4%, 최대 40%	연 6%, 최대 60%	연 8%, 최대 80%
보유기간 공제율	연 4%, 최대 40%	연 2%, 최대 20%	적용하지 않음
최대 공제율	80%	80%	80%

 ➞ 2028년에는 거주기간 공제율이 높아지고 보유기간 공제율은 낮아집니다. 2029년부터는 보유기간에 따른 공제가 폐지되고 거주기간에 따른 공제만 적용됩니다.

 

다주택자의 공제율 조정

구분	2027년까지	2028년	2029년 이후
거주기간 공제율	적용하지 않음	연 2%, 최대 30%	연 2%, 최대 30%
보유기간 공제율	연 2%, 최대 30%	연 1%, 최대 15%	적용하지 않음
적용 방법	보유기간 공제	거주기간 공제율과 보유기간 공제율 중 높은 공제율	거주기간 공제
거주요건	-	2년 이상 거주한 경우 거주기간 공제 적용	2년 이상 거주한 경우 거주기간 공제 적용

 ➞ 다주택자도 2028년부터 일정한 거주기간에 따른 공제를 적용받을 수 있지만, 2029년부터는 보유기간 공제가 폐지됩니다.

 

장기거주 소득공제 한도 신설

구분	2027년까지	2028년	2029년 이후
인별 연간 공제한도	없음	20억원	10억원
양도물건별 공제한도	없음	20억원	10억원

 ➞ 공동소유 주택은 지분비율에 따라 한도를 안분합니다. 동일한 주택을 연도를 달리하여 나누어 양도한 경우에도 분할양도 비율에 따라 양도물건별 한도를 안분합니다. 관련 규정은 「소득세법」 제95조이며, 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 적용될 예정입니다.

 

장기 거주 1세대 1주택의 양도소득 기본공제 확대

10년 이상 거주한 1세대 1주택자의 양도소득세 부담을 줄이기 위해 양도소득 기본공제를 연 250만원에서 연 2,500만원으로 확대합니다. 적용 대상은 10년 이상 거주하고 양도가액이 30억원 이하인 1세대 1주택입니다.

• 250만원을 초과하는 공제액은 해당 1세대 1주택 양도소득에서만 공제합니다.
• 공동소유 주택은 원칙적으로 지분비율에 따라 안분합니다.
• 부부 공동명의인 경우에는 각각 2,500만원을 공제합니다.
• 분할양도한 경우에는 분할양도 비율에 따라 공제액을 안분합니다.
• 특수관계인 간 양도 및 비거주자에게는 적용하지 않습니다.

➞ 관련 규정은 「소득세법」 제103조 및 제121조 제2항이며, 2027년 1월 1일 이후 양도분부터 적용될 예정입니다.

 

고령 1주택자의 양도소득세 한시 감면

고령의 1세대 1주택자가 거주하던 수도권 주택을 양도하고 비수도권으로 이주하는 경우 양도소득세를 감면하는 한시적 특례가 신설됩니다.

 

적용 요건

• 양도일 현재 65세 이상인 1세대 1주택자일 것
• 수도권 주택에 보유기간 중 5년 이상 거주했을 것
• 양도일 현재 해당 주택에서 2년 이상 계속 거주하고 있을 것
• 특수관계인이 아닌 제3자에게 양도할 것
• 양도 후 6개월 이내에 본인과 배우자가 비수도권으로 주민등록을 이전하고 실제 거주할 것

 

감면율과 감면한도

양도 시기	감면율	감면한도
2027년	양도소득세의 50%	5억원
2028년	양도소득세의 30%	3억원

공동명의 또는 분할양도의 경우에는 지분비율이나 분할양도 비율에 따라 감면한도를 안분합니다.

양도 후 6개월 이내에 비수도권으로 이주하지 않거나, 양도 후 5년 이내에 수도권 주택을 취득하거나 수도권으로 다시 이주하는 등의 사유가 발생하면 감면받은 세액이 추징될 수 있습니다. 관련 규정은 신설되는 「조세특례제한법」 제71조의3이며, 2027년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 양도하는 주택에 적용될 예정입니다.

 

지방 세컨드홈 양도소득세 특례 확대

1주택자가 일정한 지방주택을 추가로 취득하더라도 종전주택에 대해 1세대 1주택 특례를 적용할 수 있는 지방 세컨드홈 제도의 대상지역과 주택가액 기준이 확대됩니다.

대상 지역	현행	개정안
비수도권 인구감소지역	공시가격 9억원 이하	현행 유지
수도권 접경지역의 인구감소지역	공시가격 4억원 이하	공시가격 6억원 이하
비수도권 인구감소관심지역	공시가격 4억원 이하	공시가격 6억원 이하
그 밖의 비수도권 지역 중 대통령령으로 정하는 지역	적용 대상 아님	공시가격 4억원 이하

특례대상 지방주택은 다음과 같은 세제상 혜택을 받을 수 있습니다.

• 종전주택 양도 시 1세대 1주택 특례 적용
• 다주택자 중과 여부를 판단할 때 해당 지방주택을 주택 수에서 제외
• 해당 지방주택을 양도할 때 다주택자 중과 배제

1세대 1주택 특례대상 지방주택의 취득기간도 종전 2026년 12월 31일에서 2029년 12월 31일까지로 연장됩니다. 대상지역과 주택가액 기준 확대는 2027년 1월 1일 이후 취득하는 주택부터 적용될 예정입니다.

 

다주택자 중과세율 한시 완화

2년 이상 보유한 조정대상지역 소재 중과대상 주택을 양도하는 경우 2027년과 2028년에 다주택자 중과세율을 한시적으로 완화합니다.

구분	현행	2027년	2028년	2029년 이후
1세대 2주택	기본세율 + 20%p	기본세율 + 5%p	기본세율 + 10%p	기본세율 + 20%p
1세대 3주택 이상	기본세율 + 30%p	기본세율 + 10%p	기본세율 + 15%p	기본세율 + 30%p

중과세율은 단계적으로 다시 높아지며, 2029년부터는 현행 중과세율로 복귀합니다. 중과대상 주택에는 완화기간에도 장기보유특별공제가 적용되지 않습니다. 개정안은 2027년 1월 1일 이후 양도분부터 적용됩니다. 다만 2026년에 양도하여 중과세율이 적용된 경우에도 일정 요건을 충족하여 2027년 1월 1일 이후 예정신고 또는 확정신고를 하면 2027년의 완화세율을 적용받을 수 있습니다.

 

조정대상지역 일시적 2주택의 종전주택 양도기한 단축

조정대상지역에 있는 종전주택을 보유한 상태에서 조정대상지역 소재 신규주택을 취득한 경우, 일시적 2주택 비과세를 위한 종전주택 양도기한이 단축됩니다.

구분	현행	개정안
종전주택 양도기한	신규주택 취득일부터 3년 이내	종전주택과 신규주택이 모두 조정대상지역에 있는 경우 신규주택 취득일부터 2년 이내

개정된 양도기한은 2026년 10월 1일 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 적용될 예정입니다. 다만 2026년 8월 3일 이전에 주택이나 주택을 취득할 수 있는 권리를 취득했거나, 이를 취득하기 위한 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에는 종전의 3년 기한을 적용합니다.

 

조정대상지역 매입임대 아파트 특례 단계적 폐지

임대의무기간 종료 후 자동말소된 조정대상지역 소재 매입임대 아파트에 대한 다주택자 중과배제와 장기보유특별공제 우대가 단계적으로 축소·폐지됩니다.

구분	2027년 12월 31일까지	2028년	2029년 이후
2주택자	중과배제	기본세율 + 10%p	기본세율 + 20%p
3주택 이상	중과배제	기본세율 + 15%p	기본세율 + 30%p
임대기간 중 양도차익에 대한 장기보유특별공제 우대	50%	30%	적용하지 않음

2027년 1월 1일 현재 임대의무기간이 진행 중이거나 신규 조정대상지역 지정, 재개발·재건축사업 진행 등의 사유가 있는 경우에는 별도의 유예기간이 적용될 수 있습니다. 중과배제 기한 설정은 2026년 10월 1일 이후 양도분부터 적용되며, 2028년의 완화된 중과세율과 30% 장기보유특별공제율은 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 적용될 예정입니다.

 

상생임대주택의 거주요건 면제 혜택 조정

상생임대주택에는 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제 적용 시 필요한 2년 거주요건을 면제하는 특례가 적용되고 있습니다. 개정안에서는 상생임대차계약을 체결한 것만으로 특례를 계속 적용하는 것이 아니라, 다음의 기한까지 주택을 양도하도록 제한합니다.

상생임대차계약 종료일	주택 양도기한
2026년 12월 31일 이전 종료	2027년 12월 31일까지 양도
2027년 1월 1일 이후 종료	계약 종료 후 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도

개정된 양도기한은 2026년 10월 1일 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용될 예정입니다.

 

임대주택·미분양주택 등의 과세특례 정비

기한 없이 적용되던 일부 임대주택과 미분양주택 등에 대한 양도소득세 감면 및 과세특례에 최종 양도기한이 설정됩니다.

과세특례	개정내용
장기임대주택 양도소득세 감면	수도권 아파트는 2029년 12월 31일까지 양도, 수도권 아파트 외 주택은 2031년 12월 31일까지 양도
신축임대주택 양도소득세 감면	수도권 아파트는 2029년 12월 31일까지 양도, 수도권 아파트 외 주택은 2031년 12월 31일까지 양도
미분양주택 양도소득세 과세특례	수도권 아파트는 2029년 12월 31일까지 양도, 수도권 아파트 외 주택은 2031년 12월 31일까지 양도
비거주자의 주택취득 양도소득세 감면	2028년 12월 31일까지 양도
장기임대주택 장기보유특별공제 가산특례	2029년 1월 1일 이후 양도분부터 비거주자 제외

해당 특례를 적용받고 있는 주택은 주택의 소재지와 유형, 양도 예정시기에 따라 적용기한을 구분하여 확인할 필요가 있습니다.

 

장기거주 소득공제의 거주기간 인정범위 확대

장기보유특별공제가 장기거주 소득공제로 개편됨에 따라, 일정한 사유로 실제 거주하지 못한 기간도 공제율을 계산할 때 거주기간으로 인정합니다.

구분	거주기간으로 인정되는 기간
취학·근무상 형편 등 부득이한 사유	일정 요건을 충족한 비거주기간 중 최대 3년
인구감소지역 주택 등 특례주택	기존주택과 특례주택을 함께 보유한 기간
등록임대주택	일정한 등록임대주택의 임대기간
재개발·재건축 등	일정 요건을 충족한 경우 신축주택 공사기간의 50%

다만 이러한 거주기간 인정특례는 장기거주 소득공제의 공제율을 계산할 때 적용되는 것입니다. 1세대 1주택 우대공제 및 비과세를 위한 2년 거주요건을 충족한 것으로 보는 규정은 아닙니다. 개정안은 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 적용될 예정입니다.

 

주택을 다른 용도로 변경한 경우의 보유기간 계산

주택을 상가 등 주택 외의 용도로 변경한 후 양도하는 경우 장기보유 소득공제의 보유기간 계산방법이 별도로 규정됩니다.

구분	현행	개정안
보유기간 계산	자산 취득일부터 양도일까지	주택으로 보유한 기간 중 거주한 기간 + 주택 외의 용도로 보유한 기간

다만 용도를 변경하기 전의 주택이 다주택자의 조정대상지역 소재 중과대상 주택에 해당하는 경우에는 주택으로 보유하면서 거주한 기간도 보유기간에 포함하지 않습니다. 이 경우 주택 외의 용도로 변경한 이후의 보유기간만 장기보유 소득공제의 보유기간으로 인정합니다. 관련 규정은 신설되는 「소득세법」 제95조 제12항 및 제13항이며, 2028년 1월 1일 이후 주택을 주택 외의 용도로 변경하여 양도하는 경우부터 적용될 예정입니다.

 

공공주택 현물보상분양권의 1세대 1주택 특례 신설

공공주택사업 과정에서 1세대 1주택자가 기존주택을 공공주택사업자에게 양도하고 그 대가로 현물보상분양권을 취득하는 경우, 해당 분양권을 조합원입주권으로 보아 1세대 1주택에 준하는 특례를 적용합니다.

 

적용 대상

현물보상기준 공고일 현재 1세대 1주택자가 기존주택의 현물보상으로 취득한 공공주택 현물보상분양권 1개를 보유하면서 다음 중 어느 하나의 요건을 충족해야 합니다.

• 양도일 현재 다른 주택·조합원입주권·분양권을 보유하지 않을 것
• 사업 시행기간 중 거주하기 위해 취득한 1주택을 보유하고 있는 경우에는 조합원입주권이나 다른 분양권을 보유하지 않고, 해당 주택 취득일부터 3년 이내에 현물보상분양권을 양도할 것

 

과세특례

• 현물보상분양권을 조합원입주권으로 보아 1세대 1주택 비과세 적용
• 양도가액 12억원 이하에 해당하는 부분 비과세
• 일정 요건을 충족하면 1세대 1주택 장기공제 우대 적용
• 장기공제 우대율은 최대 80%

관련 규정은 신설되는 「조세특례제한법」 제97조의12이며, 2027년 1월 1일부터 2029년 12월 31일까지 양도하는 분에 한하여 적용될 예정입니다.