임대할 목적으로 취득·등기한 부동산에 대하여 대도시지역내 지점 설치에 따른 부동산등기로 보아 등록세를 중과세 한 처분의 당부(조심2010지317)

카테고리: 부동산매매사업자, 부동산임대사업자, 취득세 중과세 / 조심2010지317(2010.06.22)에 대해서 정리합니다.

[제목] 임대할 목적으로 취득·등기한 부동산에 대하여 대도시지역내 지점 설치에 따른 부동산등기로 보아 등록세를 중과세 한 처분의 당부

[요약] 등록세를 중과하는 대상을 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기로 명확하게 정함이라고 한 점을 보아 임대용으로 공하고 있는 부분은 중과세 대상에서 배제하는 것이 타당하다 할 것인바 중과세 처분은 취소함

[결정유형] 취소

주문

처분청이 2009.12.10. 청구법인에게 한 등록세 595,997,960원 교육세 110,918,390원 합계 706,916,350원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.10.4. ○○ 935-40 토지 581.2㎡ 및 건축물 1,913.57㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다.)를 취득한 후, 같은 날 그 취득가액 10,351,500,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제131조 제1항 제3호의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 207,030,000원, 지방교육세 41,406,000원, 합계 248,436,000원을 신고납부 하였다.

나. 그 후 2009.11.30. 처분청 담당공무원의 현장출장 조사 결과 청구법인이 이 건 부동산을 사업장 소재지로 하여「부가가치세법」에 의한 사업자등록을 필하고 인적설비 및 물적설비를 갖추고 부동산 임대업을 영위하고 있는 사실을 확인하고, 이 건 부동산을 대도시 내 지점설치에 따른 부동산등기로 보아 「지방세법」제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 595,997,960원 교육세 110,918,390원 합계 706,916,350원(가산세 포함)을 2009.12.10. 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 대법원 판례○○를 보면, 「지방세법」 제138조 제1항 제3호의 규정에 의한 등록세 중과세 요건인 지점으로 보기 위하여는 각 세법 규정에 의하여 사업장으로 등록된 사실 및 실질적으로 인적·물적 설비를 갖추고 계속적으로 사무 또는 사업을 행한 장소인 사실이 인정되어야 할 것이고, 여기서 “인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소”라 함은 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 시설을 갖추었으며, 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말한다고 해석함이 상당하므로 본점 이외의 장소에서 경리, 인사, 연구, 연수, 재산관리업무 등 영업활동, 대외적인 거래와 직접적인 관련이 없는 내부적 업무만을 처리하고 있는 경우는 지방세법상 지점 또는 분사무소에 해당하지 않는다 할 것인바, 이 건 부동산의 경우 임대차계약과 관련한 제반사항, 입주자의 관리, 세금계산서 발행 업무 및 미수금관리 등 부동산임대업에서 주로 행하여져야 할 영업활동 및 대외적인 업무는 본사내에서 이루어지고 있고, 이 건 부동산에 있는 경비원은 이러한 영업활동 내지는 대외적인 업무를 수행하지 않고 있으며, 처분청 담당공무원이 물적설비로 판단한 컨테이너 역시 경비원의 휴식장소로 이용되고 있는 설비로서 대외적인 업무를 처리할 수 있는 환경이 전혀되지 아니함에도 이를 청구법인의 지점으로 보아 등록세 등을 중과세하는 것은 부당하다.

(2) 또한, 구 행정자치부의 심사결정○○에서는 위탁관리업체에게 건물운영에 관련된 각 부분(임대계약 등 제반계약의 준수, 임차료와 수금업무, 시설관리, 미화관리, 보안관리, 주차관리 등)의 업무를 위탁하여 실질적인 건물운영을 위탁관리업체가 하고, 사무실이 있으나 청구인의 직원이 계속적으로 근무할 환경이 되지 아니하여 상시적으로 근무하는 물적 설비를 갖추었다는 증거를 찾아볼 수 없는 경우에는 사업자등록을 필하였다는 사실만으로 인적ㆍ물적 설비를 갖추고 계속적으로 사업이 행하는 지점을 설치하였다고는 볼 수 없다고 결정하였는바, 이 건 부동산은 외부 위탁업체에게 건물운영에 관련된 업무를 위탁하지도 아니하고 본점에서 수행하여 이 건 부동산이 소재한 지점에서는 대외적인 업무를 수행하지도 아니하였음에도 「부가가치세법」에 의한 사업자등록을 하였다는 사유로 이를 등록세가 중과세되는 지점으로 보는 것은 실질을 벗어난 부당한 처분이므로 마땅히 취소되어야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 관계법령 등의 규정에 의하면 등록세 중과세 요건인 대도시 내 지점의 설치에 따른 부동산등기에 있어서 "지점"이라 함은「법인세법」ㆍ「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭여하를 불문하고 인적ㆍ물적 설비를 갖추고 계속하여 당해 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소라고 되어 있고, "인적ㆍ물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소"라 함은 당해 법인의 지휘ㆍ감독하에 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 설비를 갖추어 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말한다 할 것이다.

(2) 청구법인의 경우 1997.6.19. 의류제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이고, 2007.10.4. 이 건 부동산을 취득한 후 2007.10.15. 이 건 부동산 소재지에 부동산업(상가임대)을 운영하는 것으로 하여 (주)○○지점 사업자등록을 하고, 건물 1층 외벽에 컨테이너 박스가 설치되어 있어 사업자등록 및 물적설비를 갖춘 사실을 알 수 있고, 위 컨테이너박스에서 청구인 소속 직원 2명이 근무하고 있어 인적설비 또한 갖추어진 것으로 보여지며, 사업자등록시 사업종류를 부동산업(상가임대)으로 하고 직원○○이 임대료 결정, 계약서 작성, 주차관리업무를 수행하고 있다는 점, 청구인의 대표이사인 ○○가 청구인의 직원인 ○○에게 건물 임대등 관리에 상당한 권한을 부여하였다는 점, 임대차계약, 세금계산서 수수, 건물에 문제발생시 연락처등에 대하여 임차인들이 청구인의 직원인 ○○을 통하여 이루어졌다고 확인하고 있는 점, ○○은 대외적으로 ○○이라는 직함을 사용하며 이 건 부동산에 상주하고 있고 원천징수이행상황신고서와 급여대장상 이연빌딩의 지점에 근무하는 직원으로 기재되어 있으며, 지점 귀속 근로소득에 대한 주민세 특별징수세액을 처분청에 신고납부하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인의 지점으로서 인적ㆍ물적 설비를 갖추고 계속하여 임대업무를 수행한 것으로 보아야 할 것이므로 이 건 부동산등기를 대도시 내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

지점 설치 이전에 사업장용이 아닌 제3자에게 임대할 목적으로 취득·등기한 부동산에 대하여 대도시지역내 지점 설치에 따른 부동산등기로 보아 등록세를 중과세 한 것이 적법한 지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 대통령령 제9924호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

(2) 지방세법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전)

제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 시행 규칙(2008.3.24. 행정안전부령 제10호로 개정되기 전의 것)

제55조의2 (사무소 등) 영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은「법인세법」ㆍ「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적ㆍ물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 의류제조 및 판매업, 원단수입업 등을 목적사업으로 ○○ 690-2를 본점 소재지로 하여 1997.6.19. 설립된 법인으로서 2004.10.15. 본점을 ○○ 474-2로 이전한 후 2007.9.4. 부동산 임대업을 목적사업에 추가하여 사업을 영위하고 있다.

(2) 청구법인은 이 건 부동산을 부동산 임대업에 공할 목적으로 2007.10.4. ○○으로부터 매매대금 10,300,000,000원에 취득하여 같은 날 소유권이전등기를 경료하였다.

(3) 청구법인은 2007.10.15. 이 건 부동산을 사업장 소재지로 하고, 상호(법인명)를 주식회사 ○○지점, 업태(종목)를 부동산업(상가임대)으로 하여 사업자등록○○을 경료하였다.

(4) 이 건 부동산은 지하 1층, 지상 6층 건축물로 이루어져 있으며, 이 건 부동산 전부는 ○○ 등에게 임대하고 있는 사실이 부동산임대차계약서 및 부가가치세 신고서 상 매출처별세금계산서합계표(갑) 등에 의하여 확인되고 있다.

(5) 이 건 부동산의 지상 1층에는 이 건 부동산의 관리를 위하여 주차관리 사무소 등으로 이용되고 있는 약 3.3㎡ 규모의 가설건축물(컨테이너, 이하 “쟁점 관리사무실”이라 한다)이 존재하고 있다.

(6) 원천징수이행상황신고서, 처분청 세무담당공무원○○의 현지출장복명서 등에 의하면, 청구법인의 직원 2명○○은 가설건축물인 쟁점 관리사무실에 근무하면서 임대차계약서 작성, 주차관리, 청소 등 건물관리 업무를 수행하고 있는 사실이 확인된다.

(7) 살피건대, 「지방세법 시행령」제102조 제2항에서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 그 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하는 것이므로 그 설립·설치·전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것○○이다.

(8) 또한,「지방세법 시행령」제102조 제2항을 개정(2009.5.21. 대통령령 제21498호) 하면서 그 개정이유를 "대도시내 법인의 사무소로 직접 사용되지 않는 부동산에 대해서까지 등록세가 중과되는 문제를 해소하기 위하여, 대도시내에 법인·지점 또는 분사무소가 설립 또는 설치되거나 대도시내로 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소가 전입될 때 하는 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 대상을 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기로 명확하게 정함이라고 한 사실을 보아서도, 이 건 부동산 중 법인의 지점 설치 이전에 지점설치와 관련성이 없이 지점용도가 아닌 임대를 목적으로 취득한 부분에 대한 부동산 등기까지 등록세 중과세 대상으로 하는 것은 무리가 있다 할 것이다.

(9) 따라서, 청구법인이 지점을 설치하기 이전에 취득·등기한 이 건 부동산 중 지점용으로 사용중인 부분은 등록세 중과세 대상으로 하고, 임대용으로 공하고 있는 부분은 중과세 대상에서 배제하는 것이 타당하다 할 것인바, 이 건 부동산의 임대현황 및 처분청의 현지출장복명서 등에 의하면 청구법인은 이 건 부동산 전부를 임대하고 있고, 청구법인은 이 건 부동산과는 무관한 가설 건축물을 사용하고 있는 사실이 확인되고 있으므로 처분청에서 제3자에게 임대하고 있는 이 건 부동산을 대도시지역내 지점 설치에 따른 부동산등기로 보아 등록세를 중과세 한 것은 잘못으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.