이 사건의 다툼은 이 사건 퇴직연금보험료가 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부 / 감심2020-1343(2022.06.02)

 

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[제목] 이 사건의 다툼은 이 사건 퇴직연금보험료가 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

[요약] 이 사건 퇴직연금보험료가 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부를 살펴보면, 이 사건 퇴직연금보험료는 2015사업연도와 2016사업연도의 연구전담인력별로 실제 지출한 비용으로 인정받을 수 있고, 각 연구원들에게 확정적으로 귀속되는 점, ② 해당 과세연도의 연구개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용이므로 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하는 점, ③ 해당 연구원이 실제 퇴직한 후에야 비로소 그 의사에 따라 연금 또는 일시금으로 선택하여 지급받는 것으로 퇴직소득에 해당한다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 이 사건 퇴직연금보험료가 조세특례제한법령에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당되지 않는다고 보아 청구인에게 한 이 사건 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.

[결정유형] 국승

주문

처분청은 2020. 6. 30. AAA에게 한 2016사업연도 법인세 경정청구 거부처분과 BBB에게 한 2015사업연도 법인세 경정청구 거부처분을 각각 취소하여야 한다.

 

이유

1. 원 처분의 요지
가. 청구인 AAA1)와 BBB(이하 “청구인”이라 한다)는 CCCCCCCCCC에 기업부설연구소 2곳2)을 등록·운영하면서 2020. 3. 27. 청구인이 기업부설연구소 운영등을 위해 지출한 고유디자인개발비, 인력개발비 및 확정기여형 퇴직연금보험료3)(이하 “이 사건 퇴직연금보험료”라 한다)를 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비로 보아 처분청에 2015~2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구(이하 “이 사건 경정청구”라 한다)를 하였다.

*1) AAA는 2016. 7. 1. BBB가 인적분할로 지주회사로 전환됨에 따라 기존 식품 제조·가공업 관련 자산 및 부채를 포괄승계하여 설립된 법인임
*2) 1999년 충청북도 청주시에 DDDDDDDD을, 2004년 서울특별시 중구에 EEEEEEE을 설립
*3) “확정기여형 퇴직연금제도”(DC형: Defined Contribution)란 급여의 지급을 위하여 사용자가 부담하여야 할 부담금의 수준이 사전에 결정되어 있는 퇴직연금제도를 말함(「근로자퇴직급여 보장법」제2조 제9호)

나. 처분청은 2020. 6. 30. 고유디자인개발비와 인력개발비는 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 보아 환급하였으나, 이 사건 퇴직연금보험료 불입액에 대한 세액공제 신청액 계 52,247,581원4)은 퇴직연금보험료가 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당되지 않는다고 보아 그 환급을 거부(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다)하였다.

*4) BBB에 대한 2015사업연도 법인세 환급세액 24,718,131원(가산세 2,414,822원 포함)과 AAA에 대한 2016사업연도 법인세 환급세액 27,529,450원

2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유
판례에 따르면 퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용으로, 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하는 것으로 판시한 바 있는 등 이 사건 퇴직연금보험료는 구 「조세특례제한법」(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항이 정한 연구인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당함이 명확하므로 이 사건 거부처분은 부당하다.

3. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 이 사건 퇴직연금보험료가 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부이다.

나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인은 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 2015사업연도와 2016사업연도에 기업부설연구소 2곳의 연구전담인력자별로 이 사건 퇴직연금보험료를 납입하였는데, 청구인의 이 사건 퇴직연금보험료 납입내역은 [표]와 같다.

2) 청구인은 2020. 3. 27. 이 사건 퇴직연금보험료를 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비로 보아 처분청에 이 사건 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020. 6. 30. 이 사건 퇴직연금보험료는 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당되지 않는다고 보아 이 사건 거부처분을 하였다.

다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 「조세특례제한법」제10조 제1항 제3호 나목 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단
구 「조세특례제한법」제10조 제1항 제3호 나목 및 구 「조세특례제한법 시행령」(2017. 1. 6. 대통령령 제27767호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항 관련 [별표 6] 제1호 가목에 따르면 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 일정 비율을 곱하여 계산한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 되어 있는데, 여기서 연구개발비란 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 연구소 또는 전담부서5)에서 근무하는 직원6)의 인건비를 말하되 「소득세법」제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액과 「소득세법」제29조 및 「법인세법」제33조 등에 따른 퇴직급여충당금은 제외하도록 되어 있다.7)

한편, 대법원은 ① 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 과세연도 및 대상 근로자별로 연구소 근속 여부에 따라 실제로 지출한 퇴직연금보험료는 그 지출사업연도의 비용으로 인정받을 수 있고, 위 보험료 상당의 금원은 각 연구원들에게 확정적으로 귀속하는 것으로 볼 수 있는 점, ② 이와 같이 퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용으로서 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하는 점 등에 비추어 보면, 퇴직연금보험료는 구 「조세특례제한법」제10조 제1항이 정한 연구·인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당한다8)고 판시한 바 있고, 국세청도 확정기여형 퇴직연금보험료는 구 「조세특례제한법 시행령」[별표 6] 제1호 가목 1)에 따른 퇴직소득, 퇴직급여충당금 등에 포함되지 않는다9)고 질의·회신한 바 있다.

위 관계 법령 및 법리 등에 비추어 이 사건 퇴직연금보험료가 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부를 살펴보면, 이 사건 퇴직연금보험료는 ① 인정사실 “1)항”의 내용과 같이 2015사업연도와 2016사업연도의 연구전담인력별로 실제 지출한 비용으로 인정받을 수 있고, 각 연구원들에게 확정적으로 귀속되는 점, ② 해당 과세연도의 연구개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용이므로 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하는 점, ③ 해당 연구원이 실제 퇴직한 후에야 비로소 그 의사에 따라 연금 또는 일시금으로 선택하여 지급받는 것으로 퇴직소득에 해당한다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 이 사건 퇴직연금보험료가 조세특례제한법령에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당되지 않는다고 보아 청구인에게 한 이 사건 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

*5) 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 등(구 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 제1항)

*6) 전담부서 등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자 등(구 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 제3항)

*7) 2019. 2. 12. 「조세특례제한법 시행령」(대통령령 제29527호로 개정된 것) 개정으로 [별표 6] 제1호 가목에 「법인세법 시행령」제44조의2 제2항에 따른 퇴직연금 등의 부담금 및 「소득세법 시행령」제40조의2 제1항 제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금도 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에서 제외되는 것으로 규정

*8) 대법원 2017. 5. 30. 선고 2016두63200 판결

*9) 국세청 2021. 1. 27. 기준-2020-법령해석법인-0124

4. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」제46조제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.