2026년 세제개편안 | 기업 세금 (개인·법인사업자): 부가가치세법, 조세특례제한법

2026년 세제개편안 중 기업 세금과 관련된 부가가치세법과 조세특례제한법의 주요 개정사항을 정리합니다.

 

정부는 2026년 8월 3일 세제발전심의위원회를 열고 잠재성장률 반등, 민생 및 지방 지원, 부동산 세제 합리화를 골자로 한 「2026년 세제개편안」을 발표했습니다. 이번 개편안은 입법예고와 국무회의를 거쳐 9월 초 정기국회에 제출될 예정입니다. 아래에서는 각 항목별로 핵심사항을 정리하였습니다.

 

부가가치세법

□ 세금계산서 기재사항 명칭 변경(부가법 §32, 부가령 §67, 소득령 §211, §212의4)

○ 세금계산서 기재사항 중 ‘작성 연월일*’은 ‘공급 연월일'로 ‘공급 연월일’은 ‘발급일’로 명칭을 변경하여 납세자 착오 방지

* '작성 연월일'은 공급시기를 기재하는 란이나, '실제 세금계산서의 작성일'을 기재하는 것으로 혼동·착오기재 하여 납세자 불이익 발생 우려

<적용시기> '27.7.1. 이후 세금계산서·계산서를 발급하는 분부터 적용

 

□ 신용카드 매출에 대한 부가가치세 세액공제 제도 개선(부가법 §46)

○ 신용카드 등 매출에 대한 부가가치세 세액공제 우대 공제율을 축소(1.3→1.2%)하여 적용기한을 3년 연장하고, 우대 공제한도는 적용기한 종료

* 공제율(%): (기본) 1.0 / (우대) [현행] 1.3 → [개정안] ('27~'29) 1.2
한도(만원): (기본) 500 / (우대) [현행] 1,000 → [개정안] ('27~) 500

구분	기본	현행 우대	개정안
공제율	1.0%	1.3%	'27~'29년 1.2%
공제한도	500만원	1,000만원	'27년 이후 500만원

<적용시기> '27.1.1. 이후 재화나 용역을 공급하는 분부터 적용

 

□ 동산 신탁재산의 사업자등록 합리화(부가령 §11)

○ 신탁재산은 재산별로 사업자등록을 해야 하나, 대상 재산이 다수인 동산(예: 금지금)은 대표 사업자등록* 허용

* 둘 이상의 신탁재산을 하나의 사업자로 등록

<적용시기> 영 시행일 이후 사업자등록을 하는 분부터 적용

 

□ 연구개발목적 자율주행 승용차 부가가치세 매입세액공제 허용(부가령 §19)

* (원칙) 개별소비세 과세대상 자동차의 구입·임차·유지관련 매입세액은 불공제
(예외) 운수업·자동차 판매업 등에 직접 사용시 매입세액공제 허용

○ 연구개발 목적으로 임시 운행허가를 받은 자율주행 승용차에 대해 부가가치세 매입세액공제 허용

<적용시기> 영 시행일이 속하는 과세기간에 구입·임차·유지하는 분부터 적용

 

□ 외국법인과의 용역거래 시 부가가치세 과세규정 보완(부가령 §95)

○ 외국법인과 용역거래 시 국내사업장이 세금계산서를 발급한 경우, 대리납부*를 적용하지 않고 국내사업장이 부가가치세 신고·납부

* 외국법인이 국내에 용역 등을 공급하는 경우에 그 외국법인의 국내사업장과 관련이 없으면 공급받는 자가 납부

<적용시기> 영 시행일이 속하는 과세기간에 용역등을 공급하는 분부터 적용

 

조세특례제한법

□ 창업중소기업 세액감면* 재설계(조특법 §6)

* 창업 또는 벤처 확인 후 최초 소득발생 과세연도부터 5년간 법인세·소득세 감면(연 5억원 한도)

○ 지방 창업에 대해 감면율을 우대 적용하고, 유망 중소기업* 창업에 대한 지원을 강화

* 점프업 중소기업(도약기업, 중기부 선정), 청년 신산업 중소기업(중기부 고시에 따른 신산업에 기초하여 시행령 개정 시 선정 예정)

<창업중소기업 법인세·소득세 세액감면 감면율>

현행	수도권 과밀	수도권 일반	비수도권
중소기업	-	25%	50%
벤처·에너지·신기술	50%	50%	50%
생계형*	50%	75%	100%
청년	50%	75%	100%
창업보육	50%	50%	50%

* 생계형: 수입금액 1억 400만원 이하

개정안	수도권 과밀	수도권 일반	비수도권 광역시등	기타 비수도권	기타 비수도권 우대지역
중소기업	-	25%	50%	60%	70%
벤처·에너지·신기술	50%	50%	60%	70%	80%
점프업	50%	50%	60%	70%	80%
생계형*	50%	75%	100%	100%	100%
청년 신산업	60%	85%	100%	100%	100%
창업보육	-	25%	50%	60%	70%

<적용시기> (감면율) '27.1.1. 이후 창업·지정·확인·선정 분부터 적용
(추계과세 배제) '27.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용

 

□ 중소기업 성장촉진을 위한 세제지원 점감구조 도입(조특법 §7, §25의6, §25의8)

○ 중소기업의 성장지원을 위해 중소기업 특별세액감면, 영상·웹툰 콘텐츠 제작비용 세액공제*에 점감구간 신설**

* ➊ (중소기업 특별세액감면) 업종별·규모별 5~30% 소득세, 법인세 감면
➋ (영상·웹툰콘텐츠) 제작비용 세액공제(대·중견 10%, 중소 15%)

** [현 행] (중소기업 졸업 시 유예기간(5년) 적용 후), 즉시 종료
[개정안] 3년간 축소된 혜택(➊: 감면율 1/2 축소, ➋: 공제율 12.5%) 적용 후 종료

<적용시기> '27.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 분부터 적용

 

□ R&D, 투자 세제지원 지방 우대(조특법 §10, §24)

○ R&D비용 세액공제, 통합투자세액공제 적용 시 기본공제율에 지역별 계수*를 곱한 공제율을 적용하여 지방 우대

* ➊ 수도권 1.0, ➋ 비수도권 광역시등 1.1, ➌ 기타 비수도권 1.3, ➍ 기타 비수도권 우대지역 1.5

구분	지역별 계수
수도권	1.0
비수도권 광역시등	1.1
기타 비수도권	1.3
기타 비수도권 우대지역	1.5

* 비수도권 광역시 등 및 우대지역의 구체적 지역구분은 시행령 개정 시 반영

<적용시기> '27.1.1. 이후 R&D비용 발생 또는 투자분부터 적용

 

□ 벤처투자 세제지원 강화(조특법 §13, §13의2, §14)

○ 벤처기업의 스케일업을 위해 벤처투자 세제 지원* 적용 시 투자 대상 벤처기업의 업력 요건 완화(설립 후 7→10년 이내)

* (내국법인) 벤처회사에 출자·투자시 세액공제, (벤처투자회사 등) 벤처 주식 양도차익 비과세

 

○ 내국법인이 지방의 인구감소*·인구감소관심지역에 소재한 벤처기업 등**에 직접 출자 시 법인세 세액공제율 상향(5→7%)

* 인구감소지역인 경우 수도권 포함
** 벤처기업·창업기업·신기술사업자·신기술창업전문회사

 

○ 벤처투자회사 등의 주식 양도소득 등에 대한 비과세 특례 상시화

<적용시기> '27.1.1. 이후 주식을 취득하거나 출자하는 분부터 적용

 

□ 신성장원천기술·국가전략기술 세부 기술·시설 적용기한 도입 등(조특법 §24, 조특령 별표7, 7의2, 조특칙 별표6, 6의2)

○ 신성장원천기술 투자세액공제에 적용기한을 설정*하고, 신성장원천·국가전략 세부 기술·시설별 적용기한**도 도입하여 주기적 재평가

* [현행] 적용기한 없음 → [개정안] '29.12.31. (국가전략기술과 동일)
** 선정연도에 따라 '27.12.31~'31.12.31.로 차등

 

□ 중소기업의 안전시설에 대한 가속상각* 신설(조특법 §28의5)

* 자산의 취득 초기에 감가상각비를 크게 계상하여 법인세 이연효과 발생

○ 중소기업이 안전설비(산업재해·화재 예방 시설 등) 투자 시 감가상각 기준내용연수를 단축(25→50%)

<적용시기> '27.1.1. 이후 자산 취득분부터 적용

 

□ 국내생산세액공제 신설(조특법 §29)

○ 녹색전환·경제안보 지원을 위한 국내생산 기반이 취약한 품목에 대해 생산량에 기초하여 소득세·법인세를 세액공제하는 특례신설

▪ (지원분야) 중요성·유망성·필요성 등을 고려하여 6대 분야 적용
(➊태양광발전, ➋풍력발전, ➌이차전지, ➍반도체, ➎핵심소재, ➏AI로봇부품)

▪ (요건) 내국인이 국내 직접 생산* & 국내 직접 판매

* 핵심공정 국내 수행 & 적격생산비용 중 국내지출분이 일정비율 이상 등

▪ (공제액*) 적격품목 생산량×기준공제액

* 공제한도: Min[적격생산비용 50%, {(적격품목 생산시설 투자누계액×50%)-누적 공제금액}]

- (지방우대) 기준공제액×생산 지역별 계수*

* ➊ 수도권 1.0, ➋ 비수도권 광역시등 1.1, ➌ 기타 비수도권 1.3, ➍ 기타 비수도권 우대지역 1.5

- (점감구조) 공제기간 중 마지막 3년은 공제액 절감(75→50→25%)

▪ (적용배제) 통합투자세액공제 적용 생산시설에서 생산되거나 수도권과밀억제권역에서 생산된 경우 제외

▪ (적용기한) ‘36.12.31.

<적용시기> '27.1.1. 이후 개시하는 과세연도 생산·판매 분부터 적용

 

□ 통합고용세액공제* 적용대상 합리화 등(조특법 §29의8)

* 기업규모/소재지/채용대상/연차에 따라 고용 1인당 일정금액을 소득세·법인세에서 세액공제: (중소) 400~2,000만원, (중견) 300~900만원, (대기업) 300~500만원

○ 통합고용세액공제 적용대상에서 대기업을 제외하고, 육아휴직 복귀자에 대한 추가공제는 적용기한 종료*

* '27년 행복한 일터 인증제(노동부) 시행 시 관련 세제지원 신설 예정

<적용시기> '27.1.1. 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 공제를 신청하는 분부터 적용

 

□ 제3자 사업승계 지원을 위한 과세특례 신설(조특법 §30의8, §127, §128, §132)

○ 가업승계가 아닌 제3자 사업승계의 경우에도 매도자, 매수자에게 세제지원

▪ (매도자) 일정 요건*을 충족한 경우 주식 또는 사업용 자산에 대한 양도소득세 20% 감면(한도: 경영연수 × 연 5천만원)

* 요건: ➊(업종) 가업상속공제 대상 업종, ➋(규모) 중소·중견기업(매출액 5천억원 미만), ➌(업력) 20년 이상 경영한 자, ➍(연령·지분) 60세 이상인 최대주주

<적용시기> '28.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용

 

▪ (매수자) 일정 요건*을 충족한 경우 5년간 소득세·법인세 10% 감면**(한도: 연 5억원)

* 요건: 매도기업(피승계기업)과 동일한 업종(대분류 기준)을 10년 이상 경영한 자·기업 또는 매도기업에서 5년 이상 근무한 임·직원일 것
** 사후관리: 승계받은 자산·지분 및 고용유지 사업 계속 등

<적용시기> '28.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용

 

□ 지방이전 및 특구입주 조세특례 남용방지(조특법 §60, §61, §128, §132, §134, §145, §146)

○ 세제지원을 받은 기업의 지역환류 유도를 위해 감면기간 중 환류한 금액*이 감면세액의 30% 미달 시 차액 추징

* 이전·입주한 지역에서 투자·R&D·고용·상생출연금에 사용한 금액

<적용시기> '27.1.1. 이후 이전하거나 입주하는 분부터 적용

 

○ 과세형평 제고를 위해 감면요건을 강화1」하고 사후관리2」 요건, 투자ㆍ고용 연계 감면한도3」 및 최저한세4」를 모든 특례에 확대 적용

1」 추계과세 시 해당 연도는 감면 배제 등
2」 위장이전 및 고용 감소 시 추징 및 향후 특례적용 배제
3」 지역소재 사업용 자산 투자누계액의 70% + (상시근로자 수 × 1,500만원)
4」 단, 현재와 같이 100% 감면 시 최저한세 적용 배제

<적용시기> (감면요건, 최저한세) '27.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용
(사후관리, 감면한도) '27.1.1. 이후 이전하거나 입주하는 분부터 적용

 

□ 소형주택 임대사업자 소득세·법인세 세액감면* 감면율 정비(조특법 §96)

* 85㎡·6억원 이하의 등록임대주택(임대료등 증가율 5% 이내, 아파트 제외)에서 발생한 임대소득에 대해 소득세·법인세 20~75% 감면

○ 소형주택 임대사업자 세액감면에 대해 임대호수와 관계없이 동일한 감면율 적용

구분	현행 1호 임대	현행 2호 이상 임대	개정안 (임대호수 구분없음)
공공지원·장기일반민간임대	75%	50%	50%
그 외	30%	20%	20%

<적용시기> '27.1.1. 이후 발생하는 소득분부터 적용

 

□ 석유화학 산업 사업재편 법인세 지원(조특법 §100의32)

○ 석유화학 사업재편 기업에 대해 사업재편계획 종료 후 2년까지 투자ㆍ배당 및 상생협력 촉진세* 50% 감면

* 기업의 투자, 배당, 임금증가, 상생협력지출액이 당기 소득의 일정액에 미달하는 경우 미달액(미환류소득)에 추가과세(20%)

 

○ 석유화학 사업재편 기업이 투자 또는 금융채무 상환을 위해 자산 매각 시 양도차익 법인세 과세이연 확대* ※ 일몰 3년 연장(~‘29년)

* 4년 거치 3년 분할 익금산입 → 5년 거치 5년 분할 익금산입

<적용시기> '27.1.1. 이후 신고하는 분부터 적용

 

□ 연안해운 우수화주에 대한 과세특례 신설(조특법 §104의30)

○ 연안해운 경쟁력 강화를 위해 ‘우수선화주기업’ 인증 화주 기업에 대해 장기계약(3년 이상) 운송비용의 1% 소득세ㆍ법인세 세액공제

<적용시기> '27.1.1. 이후 계약 체결분부터 적용

 

□ 전기차·수소전기차 개별소비세 감면 재정전환(조특법 §109)

○ 전기차·수소전기차는 개별소비세 감면한도를 단계적으로 축소·폐지하여 재정지원으로 전환, 지원효율성 제고('27.1.1.~)

차종	'26년	'27년	'28년	'29년
전기차	300만원	200만원	100만원	종료
수소전기차	400만원	300만원	150만원	종료

<적용시기> '27.1.1. 이후 반출하거나 수입 신고하는 분부터 적용

 

□ 창업중소기업 등의 융자 서류 인지세 면제 제도 정비(조특법 §116)

○ 금융기관의 창업중소기업 융자 서류에 대한 인지세 감면 축소(100→50%) ※ 창업중소기업에 대해서는 현행과 같이 면제

<적용시기> '27.1.1. 이후 과세문서 작성분부터 적용

 

□ 전남광주통합특별시 특구 내 창업기업에 대한 세액감면 신설(조특법 §121의36 신설)

○ 전남광주통합특별시 투자진홍지구 및 문화산업진흥지구에서 창업(사업장 신설 포함) 시 소득ㆍ법인세 5년간 100%+2년간 50% 감면

<적용시기> '27.1.1. 이후 창업하거나 사업장 신설하는 분부터 적용

 

□ 성실신고 확인비용 세액공제 추징사유 합리화(조특법 §126의6)

○ 사기 기타 부정한 행위로 사업소득금액 10%이상 과다 신고한 경우 성실신고 확인비용 세액공제 추징 사유 추가

<적용시기> '27.1.1. 이후 추징사유가 발생하는 분부터 적용

 

□ 부동산 임대소득 과련 최저한세 적용대상 보완(조특법 §132)

○ 개인 대상 최저한세 적용소득에 성실사업자에 대한 의료비·교육비 세액공제를 적용받는 경우에도 부동산 임대소득 포함

<적용시기> '27.1.1. 이후 개시하는 과세기간 분부터 적용

 

□ 한국은행이 보관기관으로부터 인출하는 금지금* 부가가치세 면제(조특법 §126의7)

* 금괴(덩어리)·골드바 등 원재료 상태로서 순도가 99.99% 이상인 금

○ 한국은행이 한국거래소 금 현물시장에서 매입한 금지금을 보관기관(한국예탁결제원)에서 인출하는 경우 부가가치세 면제

<적용시기> '27.1.1. 이후 인출하는 분부터 적용